วิทยาลัยเทคนิคกาญจนาภิเษก ปัตตานี ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2538 เพื่อเป็นอนุสรณ์สถานเนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชทรงเสด็จเถลิงถวัลย์ราชสมบัติเป็นปีที่ 50 ในปี 2539 ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระบรมราชานุ ญาตให้ใช้ชื่อพระราชพิธี “กาญจนาภิเษก” เป็นนามสถานศึกษา ซึ่งได้เริ่มทำการก่อสร้างอาคารเรียนปฏิบัติการต่างๆ ตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม 2538 และได้รับเกียรติจาก ฯพณฯ องคมนตรี (นายพลากร สุวรรณรัฐ) เป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารสำนักงานเฉลิมพระเกียรติ เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม 2539